События Jagged Alliance 1 разворачиваются на Метавире. На острове добывается сок из редкого растения, способного помочь бороться с раком даже на поздних стадиях. Джек вместе с дочерью Брендой основали собственную медицинскую команду из имеющихся средства. Он исследует медицинские свойства растения, испытывая на животных и больных, уже готовых погибнуть из-за боли и ужасного самочувствия от болезни.

Основной сюжет начинается с того, как напарник Джека по имени Лукас захватил большую часть территории, при этом заполучив изучения и множество собранных растений. Оставшиеся деньги главного героя уходят военному командиру, задача которого – вернуть управление над островом, чтобы вновь исследовать свойства растения и помогать нуждающимся людям. Игрок побывает в роли главы боевых действий. Предстоит управлять отрядом наемников, перемещаясь по опасным территориям, разведывая их и сражаясь с противниками.